1995 yılında emekli olan, ardından Avustralya'ya gidip, dönüşte FETÖ'nün STV kanalında bir programda çalışmaya başlayan emekli Binbaşı Erol Mütercimler, Aydınlık dergisine verdiği mülakatta "Ergenekon" isimli örgütten söz etti. Bu örgüte istinaden delili, sadece 6 yıl önce öldürülmüş iki askerden duydukları idi.

Trabzon'dan gelen bir ihbar üzerine bir gecekonduya yapılan baskında savunma ve taaruz tipi 27 adet el bombası ve fünyeler bulundu. Gecekondu sahibi Mehmet Demirtaş'ın yeğeni Ali Yiğit'in ifadeleri üzerine Demirtaş'ın askerdeki komutanı olan emekli astsubay Oktay Yıldırım gözaltına alındı.

Araştırmacı yazar Ergün Poyraz, Oktay Yıldırım, Ümit Oğuztan, Bekir Öztürk, Zekeriya Öztürk, Sedat Peker, Taner Ünal, Fuat Turgut, Hüseyin Görüm, Fikret Emek gözaltına alındı.

ADD Üsküdar şubesi başkan yardımcısı Asuman Özdemir gözaltına alındı.

Sabaha karşı 6 ayrı ilde 24 farklı adrese eş zamanlı baskın yapıldı.

Emekli Tuğgeneral Veli Küçük,
301. maddeden açtığı davalarla gündeme gelen avukat Kemal Kerinçsiz,
Hrant Dink suikastının azmettiricisi olduğu iddiasıyla yargılanan Yasin Hayal'in avukatı Fuat Turgut,
Gazeteci Güler Kömürcü,
Türk Ortodoks Patrikhanesi yöneticisi Sevgi Erenerol,
Emekli Albay Fikri Karadağ ile Susurluk davası hükümlüsü Sami Hoştan,
Drej Ali olarak tanınan Ali Yasak'ın da aralarında bulunduğu 33 kişi gözaltına alındı.

İstanbul ve Ankara'daki 20 ayrı adrese baskın düzenleyen emniyet güçleri, İşçi Partisi, Aydınlık ve Ulusal Kanal merkezlerine baskınların yapıldığı bu operasyonda,
Cumhuriyet gazetesi imtiyaz sahibi İlhan Selçuk,
İşçi Partisi genel başkanı Doğu Perinçek,
İstanbul Üniversitesi eski rektörü Kemal Alemdaroğlu,
Ulusal Kanal Genel Yayın Yönetmeni Ferid İlsever,
İşçi Partisi Genel Başkan Yardımcısı Nusret Senem,
Aydınlık Dergisi Genel Yayın Yönetmeni Serhan Bolluk'un aralarında bulunduğu 13 kişiyi evlerinden gözaltına aldı.

İşçi Partisi, Aydınlık Dergisi ve Ulusal Kanal'ın bilgisayarları ve arşivine el konulurken Aydınlık Dergisi bürolarında dört ruhsatsız silah ele geçirildi. Gözaltı haberinin duyulmasının ardından Cumhuriyet gazetesi ve İşçi Partisi binalarının önünde bazı sivil toplum örgütleri gözaltılar ve hükümeti protesto eden gösteriler düzenlendi.

Emekli Jandarma Genel Komutanı Org. Şener Eruygur,
Emekli 1. Ordu Komutanı Org. Hurşit Tolon,
Emekli albay Hasan Atilla Uğur,
Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay,
Ankara Ticaret Odası Başkanı Sinan Aygün,
gazeteci ve akademisyen Erol Mütercimler'in de bulunduğu 21 kişi gözaltına alındı. Bu operasyonda gözaltına alınan Şener Eruygur, Hurşit Tolon, Hasan Atilla Uğur ve Sinan Aygün tutuklanmış, Mustafa Balbay'ın da aralarında bulunduğu bazı kişiler serbest bırakılmıştır. Sinan Aygün bir süre sonra tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılırken, Tolon ve Eruygur birkaç sonra sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi.

Hakkında yakalama emri çıkarılan AKP eski Milletvekili Turhan Çömez ve Emekli Tuğgeneral Levent Ersöz operasyondan önce yurtdışına çıktığı anlaşıldı.
4 Temmuz 2008 – Mustafa Balbay serbest bırakıldı.
6 Temmuz 2008 – Davanın sanıklarından Kuddusi Okkır vefat etti.
7 Temmuz 2008 – 1 Temmuz'da gözaltına alınan Hasan Atilla Uğur, İbrahim Özcan , Birol Başaran , Barbaros Altıntaş, Osman Gürbüz, Kemal Aydın, Durmuş Ali Özoğlu , Emekli Orgeneral Hurşit Tolon ve Emekli Orgeneral Şener Eruygur tutuklandı.

İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin yaptığı basın toplantısında Ergenekon davası hakkındaki savcılık iddianamesinin İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesine iletildiğini söyledi. Başsavcı ayrıca Danıştay saldırısı, Cumhuriyet gazetesi'ne atılan bombaların iddianamede yer verildiğini darbe günlüklerinin ise iddianamede yer almadığını bildirdi.
14 Temmuz 2008 – Sinan Aygün tahliye edildi.

Ankara'da gözaltına alınan ve faili meçhul bir cinayetle öldürülen Binbaşı Cem Ersever'in yakın arkadaşı olan emekli albay Arif Doğan'ın depo olarak kullandığı İstanbul Beykoz'daki bir evde yapılan aramalarda ise çok sayıda gizli olduğu ileri sürülen belgeler, 2 kaleşnikof marka tüfek, bin adet mermi ve bin boş kovan ile 280 adet el bombası bulundu. Doğan; depoda bulunan mühimmatın Cem Ersever'e ait olduğunu söyledi.

Ergenekon Soruşturmasında 7.dalga:
İstanbul Üniversitesi Orman Fakültesi Öğretim Üyesi,
İP Merkez Karar Kurulu Üyesi Uçkun Geray,
Gemi Mühendisleri Odası Silifke temsilcisi, Ulusal Kanal Çalışanı Yusuf Buldu,
İşçi Partisi Üyesi Ulusal Kanal Çalışanı Nuran Gökdemir,
Milli Çözüm Dergisi Yayın Müdürü Ahmet Akgül ve
Mevlüt Sungur gözaltına alındı.

Ergenekon Davası:
25 Temmuz 2008 – Ergenekon iddianamesi kabul edildi ve dava süreci resmen başladı.
15 Ağustos 2008 – Emekli Jandarma Albay Arif Doğan tutuklandı.
16 Ağustos 2008 – Muzaffer Öztürk tutuklandı.
28 Ağustos 2008 – Anayasa Mahkemesi Başkanvekili Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt zanlı olarak ifade verdi.
3 Eylül 2008 – Kocaeli Muharebe Hizmet Destek Eğitim ve Garnizon Komutanı Korgeneral Galip Mendi, Kandıra Cezaevinde tutuklu bulunan emekli Orgeneral Şener Eruygur ile Orgeneral Hurşit Tolon'u TSK adına ziyaret etti.

Gözaltına alınanlara arasında televizyoncu Tuncay Özkan, JİTEM'in kurucusu olduğu iddia edilen albay Arif Doğan, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, Ülkü Ocakları eski Başkanı Levent Temiz, beş teğmen ve bir askeri öğrenci ve bazı İşçi Partisi ve Biz Kaç Kişiyiz? hareketi yetkilileri de bulunuyor.

Soruşturma kapsamında tutuklu bulunduğu cezaevinde merdivenden düşen emekli Orgeneral Şener Eruygur tutuklanışından 78 gün sonra sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi. Alınan bu kararın ardından Şener Eruygur'a yurtdışına çıkış yasağı konuldu.

Ergenekon soruşturmasında 9. Dalga: İstanbul, Ankara ve İzmir'de eşzamanlı yürütülen operasyonlarda aralarında
Kanaltürk'ün eski sahibi, gazeteci Tuncay Özkan,
Esenyurt Belediye eski Başkanı Gürbüz Çapan,
KanalTürk eski Haber Müdürü Adnan Bulut,
Biz Kaç Kişiyiz? hareketinden Evrim Baykara ve
eski manken Duygu Dikmenoğlu'nun da bulunduğu 16 kişi gözaltına alındı.

27 Eylül 2008 – Ergenekon operasyonunun 9.dalgasında gözaltına alınan gazeteci Tuncay Özkan, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan, emekli Hakim Albay Tanju Güvendiren, Aydınlık dergisi yazarı Emcet Olcaytu ve tıp doktoru Hüseyin Nazlıkul tutuklandı.

5 Ekim 2008 – Ergenekon davası sebebiyle Kandıra F Tipi Cezaevi ile Tekirdağ F Tipi cezaevindeki tutuklu bulunan 36 sanık Silivri Cezaevine nakledildi.

10 Ekim 2008 – Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan emekli hakim albay Tanju Güvendiren ile tıp doktoru Hüseyin Nazlıkulu serbest bırakıldı.

Ergenekon Davasının ilk duruşması Silivri'de yapıldı. Ergenekon kapsamındaki ilk iddianame Zekeriya Öz, Mehmet Ali Pekgüzel ve Nihat Taşkın tarafından hazırlandı. 86 sanıklı dava 25 Temmuz 2008'de açıldı. Yargılamalar sürerken davaların fiili ve hukuki irtibat nedeniyle birinci Ergenekon davasıyla birleştirilmesine karar verildi.

Ergenekon Soruşturmasında 10.ncu Dalga:
21 Ekim 2008 – Ergenekon operasyonunun 10. dalgasında, davanın sanıklarından emekli binbaşı Zekeriya Öztürk'ün avukatı eski Sarıyer Cumhuriyet Savcısı Ertaç Giray ve koruması gözaltına alındı.

23 Ekim 2008 – Yaklaşık olarak 1000 sayfalık savunma hazırladığı bildirilen avukat Kemal Kerinçsiz, duruşma sayılıp sayılmayacağı 3. oturumda incelenecek olan 1. oturumda Hakim Haşıloğlu hakkında reddi hakim talebinde bulunmuş ancak bu 2. oturumda reddedilmiştir.
27 Ekim 2008 – 2455 sayfalık iddianamenin okunması kararı verildi ve iddianame okunmaya başlandı.
10 Kasım 2008 – 2455 sayfalık iddianamenin okunması bitirilmiştir.

Ergenekon soruşturması kapsamında 6 ilde eşzamanlı olarak düzenlenen operasyonlarda 40'a yakın kişi gözaltına alındı.

Gözaltına alınanların arasında yazar Yalçın Küçük,
Yüksek Öğretim Kurulu eski başkanı Kemal Gürüz,
Milli Güvenlik Kurulu eski Genel Sekreteri Org. Tuncer Kılınç,
Özel Harekat Daire eski başkanvekili İbrahim Şahin,
Genelkurmay eski Hukuk Müşaviri emekli Tümgeneral Erdal Şenel,
Emekli Orgeneral Kemal Yavuz,
Bağımsız Cumhuriyet Partisi Genel Başkan Yardımcısı ve gazeteci Engin Aydın ve
Bedrettin Dalan'ın oğlu Barış Dalan da bulunuyor.

Ayrıca eski Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Sabih Kanadoğlu'nun evinde ve Bedrettin Dalan'a ait Yeditepe Üniversitesi ile İstek Vakfı'nda arama yapıldı.Gözaltına alınanlardan Kemal Yavuz, Tuncer Kılınç Kemal Gürüz ve Barış Dalan serbest bırakılırken Yalçın Küçük tutuklandıktan iki hafta sonra serbest bırakıldı. İbrahim Şahin ise tutuklanarak cezaevine konuldu.

Ankara, İstanbul ve Bursa başta olmak üzere çok sayıda ilde yapılan operasyonlarda muvazzaf subaylar ve polislerinde aralarında bulunduğu birçok kişi gözaltına alındı,sendika ve kanallarında aralarında bulunduğu birçok yerde de aramalar yapıldı.

Kahramanmaraş'ta üç özel harekat polisi, Şırnak'ta bir üsteğmen, Tokat'ta bir özel harekat polisi, Antalya'da bir emniyet amiri bir polis memuru gözaltına alındı.

Isparta'da ifade vermesi için çağrılan bir subaydan ise haber alınamadı. Gözaltına alınan 20'yi aşkın muvazzaf polis ve subayın Susurluk davası sanığı İbrahim Şahin'le bağlantısı olduğu iddia edildi. Operasyon Ankara, İstanbul, Antalya, Elazığ, Iğdır, Şanlıurfa, Şırnak, Maraş, Hakkari, Tokat, Hatay, Siirt, Bursa illerinde sürdürüldü.
Avrasya TV binasında, Türk-Metal Sendikası'nda aramalar başladı. Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek ile Erhan Göksel'in de aralarında bulunduğu 6 kişi gözaltına alındı. Bu operasyonda gözaltına alınan Erhan Göksel ve Mustafa Özbek tutuklandı.

26 Ocak 2009 22 Ocak'ta başlatılan operasyon sonucunda gözaltına alınan 26 kişiden Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek 7 asker ve 10 polis olmak üzere toplam 18 kişi tutuklandı. Böylece Ergenekon operasyonları kapsamında tutuklu bulunanların sayısı 100'e çıktı.

2 Şubat 2009 – Susurluk davası hükümlüsü Sami Hoştan Abdullah Çatlı'nın kayıp çantasının kendinde olduğunu söyledi.

Mahkeme heyeti kişisel hak ve özgürlüklerin korunması hususu göz önünde bulundurularak, MİT tarafından hazırlanmış "Ergenekon Şeması" olarak bilinen şemada yer alan üzerleri kapatılmış isimlerin açıklanmamasına karar verdi.

10 Mart 2009 Ergenekon davasında 2. iddianame İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi.
25 Mart 2009 Ergenekon davasının 2. iddianamesi mahkeme tarafından kabul edildi.

Ergenekon soruşturması kapsamında 18 ilde 50 kişiye ait 83 adreste arama yapıldı. Aralarında,
Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal,
İnönü Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu,
19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay,
Atatürkçü Düşünce Derneği (ADD) Genel Başkanvekili,
Uludağ Üniversitesi (UÜ) eski Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran ve
Prof. Dr. Erol Manisalı'nın da bulunduğu 39 kişi gözaltına alındı.

Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınan 39 kişiden 8'i tutuklandı. Böylece dava kapsamında tutuklu bulunanların sayısı 111'e yükseldi.

Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal,
İnönü Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu,
Uludağ Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran,
19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay,
Cumhuriyet Gazetesi Yazarı Prof. Dr. Erol Manisalı,
ÇYDD Yönetim Kurulu üyeleri Prof. Dr. Ayşe Yüksel,
Gökhan Ecevit ve
Ömer Sadun Akyaltırık tutuklandıktan sonra Metris cezaevine gönderildi.

Deniz Kurmay Albay Dursun Çiçek Örgüt üyeliği ve Türkiye Cumhuriyeti hükümetinin görevini kısmen veya tamamen yapmasını engellemeye teşebbüs suçlamasıyla tutuklandı.

Danıştay Saldırısı davası ile Ergenekon davası resmen birleştirildi.

9 yıl sonra, Ergenekon Davası'nın temyiz incelemesini yapan Yargıtay 16. Ceza Dairesi, 275 sanıklı davada, yerel mahkemenin kararını usulden ve esastan bozdu.

Eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ'un Yüce Divan'da yargılanması gerektiğine karar verildi. Bu karar, bozma gerekçesi yapıldı. Yargıtay, Ergenekon terör örgütünün varlığına ilişkin somut delil ortaya konulamamasını da esastan bozma gerekçesi yaptı.

İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmada, Cumhuriyet savcısı davaya ilişkin esas hakkındaki mütalaasını açıkladı.

Mütalaada, "Ergenekon Silahlı Terör Örgütü"nün varlığının kesin ve inandırıcı delillerle kanıtlanamadığı belirtilerek, "Bu nedenle varlığı kanıtlanamayan örgütün liderliği, üyeliği ve örgüt adına suç işlenmesinin de söz konusu edilemeyeceği anlaşılmıştır. Bu haliyle iş bu dava kapsamında kovuşturmaya konu edilen, Ergenekon adlı bir terör örgütünün varlığı ispat edilememiştir." denildi. Mütalaada, Danıştay dosyası sanığı Alparslan Arslan'ın da aralarında bulunduğu 4 sanık hakkında "Anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs" suçundan ağırlaştırılmış müebbet, diğer 2 sanığın da "örgüt üyeliği" suçundan hapis cezasına çarptırılması talep edildi.